北京大学教育经济研究所成立于1999年，由原国家教委、原国家计委和财政部联合支持设立，是教育部人文社会科学重点研究基地，也是全国唯一一所从事教育经济学研究的国家重点研究机构。
教育经济研究所秉承北京大学“开放民主、兼容并包”的学术氛围和团结协作的优良传统，聚集了一批知名学者，形成了规范与实证研究相结合、定量方法与定性方法相结合的多学科综合研究特色。
研究所依托于北京大学教育学院和教育经济与管理博士点（国内该学科第一个博士点），不断推进人才培养、学术研究、政策咨询和社会服务模式创新，为我国教育学科的发展和教育改革做出了重要贡献。
作为国家教育问题的重要研究和咨询机构，教育经济研究所以教育领域的重大现实问题和基础理论问题为研究重心，致力于探索教育经济学科前沿重大问题，始终坚持服务国家教育政策制定的重大战略需求。
研究所现有专职研究人员20名，来自经济学、教育学、社会学、管理学、理学、工学等多种学科，思想敏锐，训练有素，具有广阔的国际视野和丰富的国际合作研究的经验。除拥有一支精干的专职研究队伍外，研究所还聘请了国内外一批知名专家学者作为兼职研究人员。
多年来，研究所人员主持和参与了多项国家级、省部级和国际机构的重大科研项目，研究成果得到国内外学术界的高度评价, 产生了积极而广泛的社会影响。
2000年，教育经济研究所被国内同行专家评选为教育部普通高等学校人文社会科学重点研究基地；2002年，教育经济与管理学科被国务院学位委员会组织的专家评为全国重点学科；2003年，被评为“公共管理”一级学科博士点，并取得了博士后流动站的资格；2010年，教育经济研究所被评为全国优秀人文社科重点研究基地。
